2020年10月1日，《深圳经济特区生态环境公益诉讼规定》正式实施，率先在全国制定专门的生态环境公益诉讼法规。2021年5月，深圳经济特区生态环境公益基金（以下简称“生态公益基金”）正式设立，实行慈善信托管理，资金主要来源于生态环境损害赔偿金和社会捐赠。生态公益基金的设立，是深圳在生态环境公益诉讼制度方面的一项重大突破，为生态环境保护公益诉讼及生态环境修复提供了资金保障，并形成了有效的生态环境修复运行机制。

一是创设全国首个生态环境公益基金，实行慈善信托管理。吸收、借鉴联合国开发计划署相关专题调研成果，创设全国首个生态环境公益基金并采用慈善信托的方式进行管理、使用，通过法院裁判或赔偿义务人主动缴纳生态环境损害赔偿金、社会捐赠等方式筹集生态环境公益基金。

二是创新基金管理机制，确保生态环境修复运行机制规范化运作。2023年，市中级法院联合市检察院、市民政局、市生态环境局印发《深圳经济特区生态环境公益基金管理暂行办法》，围绕生态环境公益基金的申请、审核、拨付、验收、监督和信息公开全过程，对规范管理、使用这一基金作出了细致全面的规范。成立生态基金工作指导小组，设立生态基金管理委员会，组建由生态环境、污染防治、公益慈善、财务、法律、审计、建筑工程等领域专家和人大代表、政协委员组成的生态基金专家委员会，形成较为完善的生态环境公益基金运作管理机制。

三是创新基金使用用途，解决生态环境修复难题。“生态公益基金”主要用于生态环境损害替代性修复、生态环境损害应急处置、支出生态环境公益诉讼所需的调查取证和鉴定评估费用等事项。

截至2025年3月底，深圳经济特区生态环境公益基金接收生态环境公益诉讼赔偿金及社会各界爱心捐赠收入共计1475.76万元，支出共计324.47万元，为生态环境修复及生态环境公益诉讼相关费用开支提供了资金保障。2023年市中级法院向有关单位发函，推动坪山138工业区废弃废水站危险废物应急清理处置项目顺利完工，避免长期应急管理造成的资源和资金持续损耗。修复运行机制的创新经验获得广泛认可，2023年11月，深圳法院生态环境案件办理机制创新再次被列入深圳综合改革试点创新举措和典型经验，被国家七部委联合发文向全国推广。2024年3月，市中级法院环境资源审判“深圳模式”服务生态环境高质量发展的实践，荣获南方日报“数·质圳治2023深圳治理现代化”市域社会治理优秀案例。